Футбольная команда в Овидиополе была создана в 1947 году. Долгое время в любительских соревнованиях Одесской области и Украины город представляла команда колхоза им. Дзержинского, затем «Дзержинец». С 1989 года носит название «Днестр», а в 1991-м организован одноименный футбольный клуб.

Чемпион Одесской области - 1980, 1981, 1991, 1997/1998, 1998/1999, 1999/2000, 2000 (осень).
Обладатель Кубка Одесской области - 1981, 1982, 1998/1999, 1999/2000.
Обладатель Кубка Федерации Одесской области 1997.
Чемпион Украины среди аматоров - 1999.
Победитель второй лиги (группа «А») – 2006/07.

В 1980 году овидиопольцы впервые становятся чемпионами области. В составе победителей выступали: Миллер, Ковальчук, Чербаджи, Лепендин, Свищев, Зинченко, Пампушко, Георгиев, Яценко, Мартеросьян, Никул, Мандриченко, Андреев, Маслов, Трифонов, Лысенко, Гуталюк. 
Через год команде, практически в том же составе, удалось второй раз подряд завоевать звание чемпиона области. В том же год команда колхоза имени Дзержинского впервые стала обладателем Кубка Одесской области. 
В советский период наша команда стала еще раз чемпионом в 1991 году и выиграла Кубок Одесской области в 1982 году.

После обретения Украиной независимости для «Днестра» начались новые времена. Клубом занялся глава райгосадминистрации Овидиопольского района Виктор Иванович Дуков, который мечтал о создании сильного футбольного коллектива. Главным тренером в те годы был в прошлом легендарный футболист «Днестра» Николай Андреев, помощником которого стал Василий Андреевич Ущаповский, переехавший из Коростыня.
В первые годы «Днестр» в чемпионате Одесской области не блистал, занимая места не выше 5-го. Лишь в сезоне 1994/95 овидиопольцы финишировали вторыми вслед за «Первомайцем». Спустя два года «Днестр» вновь второй. На этот раз впереди оказался одесский «Лотто-GCM».

С 1997 года Василий Андреевич Ущаповский стал главным тренером и в сезоне 1997/98 «Днестр», после семилетнего перерыва, стал чемпионом Одесской области (в четвертый раз за историю). Кроме того, в том сезоне овидиопольская команда сыграла в финале Кубка Одесской области, уступив «Маяку» (решающий гол в дополнительное время забил Константин Стародубовский – будущий вратарь и лидер «Днестра») и выиграла Кубок Федерации Одесской области. В составе «Днестра» выступали: Миллер, Гришко, Акопян, С.Чмерук, Слота, Заруцкий, Е.Андреев, Зилинский, Свиргун, Бабий, Астраханкин, Примильский, Жусь, Ярцун, Белоскирский, Кулиш, Чмиль, Подвальный, А.Ковальчук, Муравлев, Полатов, Мельников, Завидный, Шамота, Н.Андреев, Вишневский, Коридзе, Пошехонцев, Кресс, Стародубец, О.Безуглый, Марусин, А.Шевченко, Гапоненко, Бобриков, Юрчак.

В сезоне 1998/99 «Днестр» сделал «золотой дубль», ко второму подряд чемпионству присоединив Кубок Одесской области. В чемпионате области был установлен рекорд (33 победы в 34 матчах). В следующем сезоне овидиопольский клуб повторил свой успех, а Владимир Кресс стал лучшим бомбардиром чемпионата области.

Летом 2000-го произошла трагедия. Во время матча на первенстве мира среди ветеранов умер президент «Днестра» Виктор Дуков, при котором его любимый клуб стал чемпионом Украины среди аматоров, неоднократным победителем чемпионата и обладателем Кубка Одесской области. Президентом клуба стал Хасан Хасаев, а именем Виктора Ивановича был назван домашний стадион «Днестра». В последнем для себя сезоне в чемпионате области (осень 2000) «Днестр» в седьмой раз стал чемпионом. 

В сезоне 1998/99 «Днестр» дебютировал в чемпионате Украины среди аматоров. В финале чемпионата, состоявшемся в июне 1999 года, команда заняла пятое место, а в следующем чемпионате, завершившемся осенью того же года, овидиопольский клуб стал чемпионом Украины среди любителей, обыграв в финале «Техно-Центр» из Рогатина 4:3. Историческую победу «ковали»: Акопян, Стародубовский, Александров, Е.Андреев, Бабий, Возный, Ермаков, Жовжеренко, Зилинский, Книгницкий, Кресс, Кулиш, Лущенко, Маташ, Подвальный, Свиргун, Слота, Стародубец, А.Ущаповский, Чмиль, Юрченко. 

В 2000 году «Днестр» вновь стал пятым среди любителей, а осенью сыграл на первом этапе в Кубке регионов УЕФА, уступив первую строчку в своей группе и путевку в следующий этап болгарскому «Пловдиву» только за счет меньшего количества забитых мячей. В следующем чемпионате Украины среди аматоров «Днестр» финишировал первым в своей группе на предварительном этапе, а затем снялся с розыгрыша аматорской лиги, для того чтобы летом 2001 дебютировать на профессиональном уровне во второй лиге чемпионата Украины. 
С сезона 2001/02 «Днестр» выступал в группе «Б» второй лиги. Дебютный сезон вполне удался. Команда Василия Ущаповского, одержав 16 побед в 34-х матчах, финишировала пятой. Лучшими бомбардирами с семью мячами стали ветераны одесского футбола Александр Бондаренко и Сергей Гусев. Второй чемпионат команда провела не так уверенно, но сберегла за собой пятую строчку в турнирной таблице. Лучшим в атаке вновь стал Бондаренко (8 мячей).
В сезоне-2003/04 команда сделала шаг вперед. «Днестр» набрал 55 очков в 30 матчах и занял четвертое место. Отставание от финишировавшего вторым никопольского «Электрометаллург-НЗФ» составило два очка (первым стало симферопольское «Динамо-ИгроСервис» с огромным отрывом – 75 очков). Перед стартом команду покинул Александр Бондаренко, но его потерю восполнил опытный Константин Кулик. Также команду пришли Евгений Сидорский, Николай Витвицкий, по ходу сезона - Владимир Возный, Владимир Мусолитин, Виталий Парахневич и Вячеслав Лепявко.
А вот чемпионат 2004/05 вышел провальным. Овидиопольцы стали лишь десятыми, пропустив вперед двух одесских полпредов – «Пальмиру» и «Реал». Отличительной особенностью этого сезона стала кадровая чехарда - в ходе сезона сменилось полсостава. Перед стартом уехал в Казахстан Николай Витвицкий, завершил выступления Андрей Телесненко, а пришедшие Богдан Смишко, Андрей Запорожан и Виталий Рудой не закрепились и ушли по ходу сезона, так же как и Витвицкий, Мусолитин и Лепявко. Призванные на помощь во втором круге Руслан Романчук, Александр Козакевич и Владимир Яглинский не смогли проявить своих лучших качеств.
В сезоне-2005/06 «Днестр» поднялся на восьмое место. В этом чемпионате команда представляла собой удачный сплав молодости и опыта, который выстрелил в следующем году. Тогда было решено сократить количество групп во второй лиге до двух и овидиопольцы заявились в группу «А». Сезон-2006/07 «Днестр» под руководством тренерского тандема Василий Ущаповский – Игорь Негара завершил на первом месте, набрав 62 очка в 28-ми матчах, попутно установив целый ряд личных и всеукраинских рекордов. За первый круг команда не потерпела ни одного поражения, проиграв первый раз в 17-м туре, забила 44 мяча и пропустила всего 12. Константин Стародубовский установил рекорд, проведя 910 «сухих» минут, причем эта серия во второй лиге на закончилась, а сам Константин, пропустив за чемпионат шесть мячей, сам расписался шесть раз с пенальти в воротах соперника. Вознаграждением для «Днестра» - стала долгожданная путевка в первую лигу.
Дебютный сезон в первом дивизионе выдался противоречивым. С одной стороны новобранец «Днестр» выступил лучше, чем все остальные команды, которые поднялись вместе с ним из второй лиги, с другой стороны он должен был попасть, как минимум, в «десятку». На старте чемпионата в клубе произошли серьезные изменения: на посту президента Хасана Хасаева сменил Андрей Продаевич, а на тренерском мостике остался только Игорь Негара. Потерпев в начале ряд поражений, затем «Днестр» провел девятиматчевую беспроигрышную серию, в Кубке Украины команда добралась до 1/8 финала и ко второму круг готовилась с самыми честолюбивыми планами. В состав влился ряд опытных игроков, поигравших на самом высоком уровне – это Андрей Чернов, Руслан Гилазев, Кахабер Мхаванадзе, Денис Колчин и Валентин Полтавец. Но во втором круге «Днестр» потерял много необязательных очков и, в итоге, финишировал лишь двенадцатым.

В чемпионатах Украины (2001/02 - 2007/08): 214 игр, 95 побед, 54 ничьих, 65 поражений, разность мячей 247 – 188, во второй лиге (2001/02 - 2006/07): 176 игр, 83 победы, 41 ничья, 52 поражения, разность мячей 214 – 149, в первой лиге (2007/08) 38 игр, 12 побед, 13 ничьих, 13 поражений, разность мячей 33 – 39.

Лучшее достижение: в первой лиге – 12-е место (2007/08), во второй лиге - в группе «А» - 1-е место (2006/07), в группе «Б» второй лиги - 4-е место (2003/04).
Самая крупная победа: в первой лиге – 3:0 («Энергетик» Бурштын и ЦСКА Киев – 2007/08), во второй лиге – 5:0 («Рось» Белая Церковь - 2004/05, «Княжа» Счастливое, «Интер» Боярка – 2006/07).
Самое крупное поражение: в первой лиге – 0:5 («Динамо-2» Киев – 2007/08), во второй лиге – 0:4 («ОЛКОМ» Мелитополь в 2001/02).
Больше всего игр провел – Андрей Ущаповский (173), в первой лиге – Сергей Бабий (160), во второй лиге – Александр Згура (37).
Лучший бомбардир – Вадим Юрченко (18 мячей), в первой лиге – Александр Згура (11), во второй лиге – Вадим Юрченко (17).
Рекордсмены за сезон: в первой лиге - Александр Згура (11 мячей – 2007/08), во второй лиге – Александр Бондаренко (2002/03), Александр Краснянский, Константин Кулик (2003/04) по 8 мячей.

В розыгрышах Кубка Украины (2002/03 - 2007/08) «Днестр» провел: 10 игр, 3 победы, 1 ничья, 6 поражений, разность мячей 13 - 16.
Лучшее достижение: выход в 1/8 финала (2007/08).
Самая крупная победа – 2:0 («Энергетик» Бурштын - 2007/08).
Самое крупное поражение – 1:3 («Металлург» Донецк - 2006/07).
Больше всего игр провел: Сергей Бабий (8).
Лучший бомбардир - Александр Пинчук (3 мяча).

В аматорских чемпионатах Украины (1998/99 - 2001): 50 игр, 36 побед, 9 ничьих, 5 поражений, разность мячей 104 – 32. 
Чемпион Украины (1999).
Самая крупная победа – 8:0 («Геркулес» Новоукраинка - 1998/99).
Больше всего игр провел: Валерий Чмиль (44 матча).
Лучший бомбардир – Владимир Кресс (20 мячей).
Рекордсмены за сезон – Владимир Кресс (1999) - 10 мячей.

В розыгрышах Кубка Украины среди аматоров (1998/99): 4 игр, 1 победа, 2 ничьи, 1 поражение, разность мячей 6 – 2. 
Лучшее достижение: выход в 1/4 финала (1998/99).
Лучший бомбардир – Сергей Свиргун (3 мяча).

Матчи проводит на стадионе «Днестр» имени Виктора Ивановича Дукова (1500 мест), построенном в 1989-м году.